根本差别在于激发基态原子的外层电子跃迁的方式，发射光谱属于热致激发，即基态原子吸收热量后，其外层电子跃迁致较高能级，然后跃迁回较低能态发射的特征谱线；分子荧光则是属于光致激发，基态原子受光辐射后，其外层电子跃迁致较高能级，然后跃迁回较低能态发射的特征谱线。
从本质上来讲，荧光光谱是电子态的跃迁，而拉曼光谱是振动态的跃迁。分子吸收电磁辐射的能量后，电子会从基电子态向能量较高的能态跃迁，跃迁所需的能量与吸收的光子能量相等。如果吸收的光子能量正好等于某个电子能级与基态能级的能量差，那么处于基电子态的电子就能跃迁到此高能态。荧光光谱就是电子吸收光子后从这个高能态开始，向低能态跃迁过程中发射的光子形成的光谱。拉曼光谱则是电子跃迁到一个虚能态，然后向下跃迁回到基电
荧光光谱仪的光谱分辨率。光谱分辨率是指把光谱特征、谱带分解成为分离成分的能力。高级的荧光光谱仪分辨率可达0.5～1nm。
荧光光谱仪的频谱范围。高级的荧光光谱仪可覆盖200nm～1500nm。
荧光光谱仪中的波长准确度和波长重复性。波长准确度，是指波长的实际测定值与理论值(真值)的差，高端仪器的波长准确度可达0.1nm。波长重复性与波长准确度一样重要，是光谱仪可靠性的标志，高端的仪器可达0.
按波长和测定方法分为γ射线、X射线、光学光谱和微波，而光学光谱又分为紫外、近紫外、可见、近红外和远红外；
按外形分连续光谱、带光谱和线光谱；
按电磁辐射分为分子光谱、原子光谱、X射线能谱和r射线能谱；
原子光谱主要分为发射光谱、吸收光谱和荧光光谱；
进行分子荧光光谱分析的仪器称荧光分光光度计。它由5 部分组成：光源；单色器；样品池；检测器；显示装置 。
荧光激发光谱和发射光谱，可用来鉴定有机化合物。冷却至 77K ，可获得高度分辨的低温荧光光谱，有利于鉴别 。还可采用同步扫描荧光法，及1～4阶的导数荧光光谱和三维光谱等，来鉴别多组分荧光物质。
荧光光谱先要知道荧光，荧光是物质吸收电磁辐射后受到激发，受激发原子或分子在去激发过程中再发射波长与激发辐射波长相同或不同的辐射。当激发光源停止辐照试样以后，再发射过程立刻停止，这种再发射的光称为荧光。